1987年8月15日,根据省地方志编纂委员会关于整理福建地方志的要求,福清县选定乾隆版《福清县志》进行重修。重修工作包括断句、标点、分段和校勘,并送交省地方志编纂委员会审定后刊行。重刊后的《福清县志》为大32开本,共764页,包含65.7万字,于1989年11月正式刊印。
重修后的《福清县志》前有历次重修所作的各种序言、纪略、纪事、后序、跋,还附有古代方括图、县城图、县治图等。全书共分为沿革表、地舆志、建置志、民赋志、学校志、兵制志、祀典志、职官志、选举志、艺文志、人物志、杂事志等部分。
实际上,1987年版《福清县志》是以光绪二十四年(1898年)重刻本为底本,以康熙县志为参校本,并参考了《福州府志》和《福建通志》等资料,经福清县志编纂委员会整理出版。该版本纠正了光绪版的许多错误,但由于底本并非乾隆原版,仍存在一些难以纠正的错误。